Quando tentamos usar as duas juntas ocorre um erro pelo fato das duas bibliotecas terem o mesmo construtor $(). Então pode acontecer delas tentarem interpretar o mesmo código. O JQuery tentando interpretrar código que foi feito para o Mootools e o Mootools querendo interpretar código escrito para JQuery.

Mas não se preocupe, existe uma solução bem simples para resolver esse problema.

John Resig( criador do JQuery ), sabendo que outras bibliotecas usavam o mesmo construtor que ele, criou a funçao jQuery.noConflict.

Voce apenas tem que chama-lá depois da inclusão da biblioteca JQuery, antes de usar qualquer função JQuery e colocar jQuery como construtor no lugar $()

<script type="text/javascript">

jQuery.noConflit();

jQuery().ready(function(){

jQuery('#empresa').css('color', 'blue');

});

</script>

Agora é só usar o seu script Mootools com o construtor padrão:

<script type="text/javascript">

$('pessoa').inject('empresa', 'top');

</script>